В 1658 году, с прямого разрешения царя Алексея Михайловича, у берегов реки Истра началось возведение Новоиерусалимского монастыря под руководствомпатриарха Никона. А с 1658 года Никон отрекся от патриаршего сана и до 1664 года жил и молился в скиту. В 1666 году царь Алексей лишил Никона сана и сослал его в ссылку, в Кирилло-Белозерский монастырь.
Строительство нового здания приостановилось, но с 1678 года, после принятия царского пристола Федором Алексеевичем, строительство было возобновлено, а Никона было приказано вернуть из ссылки. Но, к сожалению, Никон больше так и не увидел его стен. Он скончался в дороге и был похоронен на территории строящейся монашеской обители.
Руководство строительством принял на себя один из лучших зодчих тех времен - Яков Григорьевич Бухвостов. Под его правлением в 1690-1694 годы - деревянную ограду снесли, а на ее месте возвели каменную стену с надвратной церковью и башнями. Архитектура поражала своим великолепием и тонкость выполненной работы. Часовни были построены по плану города Иерусалим, где находится храм Гроба Господня.
Над часовней был воздвигнут каменный шатер, выполненный руками лучших мастеров и резчиков по камню на Руси. Но в 1723 году из-за своей громоздкости и плохого крепежа, шатер обрушился. Восстанавливать его взялся Франческо Бартоломео Расстрелли. Шатер был выполнен в точности, как прежний, но только уже из дерева. Хуже выглядеть он от этого не стал, а вот наличие его можно наблюдать и в наши дни.
Дальнейшими реконструкциями занимались не менее известные личности, такие как А. Н. Воронихин, М. Ф. Казаков и К. А. Тон. В 1698 году стены за битвой между стрелецкими войсками, поднявшими восстание, и верными правительству частями, которыми руководил бравый генералиссимус Алексей Шеин. В начале XVIII века во время Петра он пережил сильнейший упадок, до того, его стены такого не видывали.
Далее, в 1921 году его закрыли и преобразовали в музей, но в 1941 году музей разграбили немецкие войска, а все строения взорвали. Колокольня и башни были безбожно разрушены, собор тоже сильно пострадал и долгое время потом прибывал в разрухе. С 90-х годов XX в. его начали реставрировать и уже в 1994 году он стал действующим.
В наши дни он почти полностью восстановлен и отстроен. На его очень большой территории расположен славный Воскресенский собор с церковью Константина и Елены, построенный в 1658-1685 годы; трапезные палаты с церковью Рождества Христова, построенные в 1686-1692 годы; больничные палаты с Трехсвятительской, построенные в 1698 годы; палаты архимандрита, построенные в 1750 году; дворец царевны Татьяны Михайловны, построенный в конце XVII века; братские корпуса, построенные в конце XVII века; Солодежная и Кузнечная палаты, которые строили в период с 1690-го по 1694-ый годы; наместничьи палаты; Святые ворота с надвратной Входоиерусалимской, построенные в 1694-1697 годы ; караульные палаты; Гефсиманская и Сионская башни; Башня "Давидов дом"; Елизаветинская надвратная (такой в Иерусалиме нет); Ипоплеменничья; "Варуха"; Ефремова и Дамасская башня.
На небольшом островке до сих пор стоит четырехэтажный Скит патриарха Никона. Построен он был в 1658 году и во время своего прибывания в этом месте, Никон жил и молился здесь. Этот монастырь хранит в себе Божью благодать и покой.